同药物学类似，辽夏金元时期的方剂学也明显萎缩了。

宋时已设立御药院，《政和本草》中已引用“《御药院方》”，元代承袭宋制，亦设立御药院，掌握由各地进贡和外藩馈送珍奇药品，修造汤药。现存《彻药院方)系宋金元三朝御药院所制之成方配本，大多是搜集金元及宋的宫廷秘方，多为配制丸、散、膏、丹之类成药的医方，不少方剂为一般方书未见者，是名符其实的宫廷秘方。

《瑞竹堂经验方》为元代萨得弥实（一作沙图穆苏）撰。原书15卷，按疾病分为15门。

元代李仲南汇集古人医书，于至顺二年(1331)撰成《永类钤方》22卷，该书以医经为本，详列外感内伤诸病，尤重骨伤科，在体例上以脉、病、因、证、治为“五事’，钤而为图，贯穿彼此，互为发明，使人一目了然。

与李仲南不同，危亦林是医学世家，他积祖传五世分科习业的经验，撰成《世医得效方》19卷。在该书中毫无保留地公开了大量秘方，是难能可贵的。除搜集古方和整理家传方外，危亦林还注意博采民间验方，在该书中记载了很多劳动人民发明的简便易行的单验方。全书共载各种方剂3000余首，可说是现存元代方书中的巨著了。

元末出现了一部特殊的医方集《回回药方》。该书是一部中外医学交流的产物，是一部回回医学传人后在蒙古和元代百余年同汉族医学、蒙医学、维吾尔医学逐渐汇合而有明显的阿拉伯医学特点的医学著作，因元代大都(北京)和上都(多伦)设有两边回回药物院，或许《回回药方》为该机构的处方集，尚须新的史料证明。《回回药方》中大量阿拉伯药物，也有象牡丹皮、巴豆、当归、细辛、知母等中国特产药物，还有一些由阿拉伯经中南亚、欧洲、非洲传入，早已被中医习用的中药，如无花果、石榴、安息香、乳香、没药等，书中残存医方涉及内、外、妇、儿等科，还有制药技术的记载，其中对骨科的记载尤为突出。金元时期的方书还有金代赵大中编辑的《风科集验方》共28卷，载方632首，后经赵素增订，增至1900余方，成为风科最完备的著作。此外有释继洪的《岭南卫生方》和《澹寮集验秘方》，分别为论述山岚瘴气治法及生平历效方剂。还有艾元英《如宜方》、王东野《集验方》、元好问《集验方》、孙允贤《类证南北经验医方十戒》等等。