明代宫廷除为皇帝服务的御药房外，还设有专为皇太子、后宫嫔妃和王府服务的医疗机构。

(一)御药局和御药房

吴元年(1364)，朱元璋设尚药局，尚药御奉品阶为正六品。洪武六年(1373)，内府设御药局，始置御医。御药局设尚药御奉2人，直长2人，药童10人，俱以内臣充之。御医4人由太医院医官担任。御药局主要任务是监制御用药饵，兼管收储各地进贡的名贵药材。

1373年又设御药房，由提监、太监理其事，近侍医官无定员，分两班掌管御用药饵，官阶与太医院医官相似。

嘉靖十五年(1536)，改御药房为圣济殿，又设御药房，由御医轮流值班。万历三年(1575)，圣济殿造御药库关防印一枚，由提督太监收管，以凭传取，年终将传取药材及剩余数额等项造册，送礼部查考。

(二)东宫典药局

洪武二年(1369)，东宫设典玺、典药、典膳、典服、典兵、典乘六局。每局设局郎1人，局丞1人，内使10人。典药局郎、局远及内使负责皇太子的医疗保健。

京师各亲王府在承奉司下置司药2人，以司亲王府的医药工作。建文间(1399～1403)。京师亲王府增设典药1人。

(三)后宫医药机构

洪武五年(1372)，后宫设六局，由尚食同负责医药，内设司药2人，掌管医方和药物，并有典药2人，掌药2人，均由女官充任。永乐间(1403～1424)及其后，这些职务均转由宦官担任。

皇后及嫔记有病，多由太医院医官诊视。后宫设安乐堂，专供后嫔养病；设有月子房，供宫内孕产用。后宫设医官3人，医士36人，还配有稳婆、乳婆、医整数十人。

(四)王府良医所

明代备藩王府均设良医所，主管王府医疗保健。洪武四年(1371)，良医所设良医正、良医备1人，寿官数人，俱从文官，由太医院推荐，吏部任命。杰出医药家王履、李时珍等曾任过王府良医。