洪武十七年(1384)规定，府、州、县均设专职医官。府设医学正科1人，州设典科1人，县设训科1人，负责辖区的医药卫生。据《顺天府志》等载，各县还设有惠民药局、养济院和安乐堂。

(一)惠民药局

明代沿袭宋元旧制，于洪武三年(1372)在南京、北京及各府、州、县均设惠民药局，两京惠民药局由太医院统辖，设大使、副使各1人，各府惠民药局设提领，州、县设医官。

惠民药局是为平民诊病卖药的官方机构，掌管贮备药物、调制成药等事务，军民工匠贫病者均可在惠民药局求医问药。遇疫病流行，惠民药局有时也免费提供药物。

惠民药局的设置及管理均很不完善，许多药局有名无实或有医无药，或局舍破败。

(二)社会福利组织

洪武七年(1374)，设养济院，收养鳏寡孤独贫病无依者，工匠、军人及其他老弱病残者，都是收养对象，院中有医官担任治疗。所需物资由所在府、州、县按时供给，永乐间(1403～1423)全国州、县普遍建立养济院。水乐十五年(1417)，京师民工中疾病流行，为此设立了一座临时性的民工医院，称安乐营。

明末广东出现民办育婴所。据《广东通志》裁：广东马应勋，字目明，建育婴所，存活婴孩无数。洪武三年(1370)，令全国各州、县设立义冢，掩埋遗骨。各州县奉令择宽闲地立义冢，凡贫穷无地可葬者，均可葬于其处，并禁水葬和火葬。天顺四年(1460)，京师于崇文、宣武、安定、东直、西直、阜城等门外，各置涌泽园一所，以收埋遗骨。