此期对《难经》的研究，方式大抵是将《内经》《难经》有关内容相互对照，并以《内经》理论阐述《难经》义理与渊源。

清初莫所《难经直解》(1669)2卷，为《莫氏锦囊十二冲》之一种。莫氏注释《难经》以滑寿《难经本义》的理论为主，参考其余注家学说，并结合个人见解予以发挥，具有一定参考价值。徐大椿所著《难经经释》(1727)2卷，以《内经》理论为本，阐发《难经》义理及其学术渊源，其中述源析变、考订辨论、诠释发挥，颇具参考价值。黄元御所著《难经悬解》(1756)2卷，主要结合个人学识及阅读《难经》心得，对81难予以逐段注解，注文多较简要。

日本学者丹波元胤亦于19世纪初叶撰有《难经疏证》2卷，该书首列其父丹波元简《难经解题》1篇，元胤征引各家学说结合个人见解补其剩义。