清代方剂学与药物学有类似的特点，即数量众多，内容丰富，且多短小精悍，适于应用。同时对理法方药和方剂配合意义的研究已更为普遍，水准也不断提高。

清代在方剂学方面影响最大的著作要首推汪昂的《医方集解》。该书在分类编排上打破了过去方书以病症分类的传统，而采用根据方剂功效分门别类的方法，按补养、涌吐、发表、攻里、表里等21门归纳诸方。这样既便于查阅，又避免了重复。每一具体医方又分项分别论述介绍组成、方解、附方等，条理清晰，眉目分明。这种方法一直沿用至今。其次选方精炼。该书选取正、附方各300余首，选取原则是“诸书所共取，人世所常用”。由小见大，有精见博。所选方剂皆药味简洁，药物平易者，便于实用。书中虽有少数峻猛之剂，亦为攻坚夺病所必需者，而对冷僻，专治奇症怪病或药味超过20味以上者，则不收录。其三议论有独到见解，该书中作者个人发明则以“昂按”标明。作者每每对待学术上的争鸣直陈己见，影响深远。

吴仪洛鉴于《医方考》和《医方集解》各具优缺点，综合二书内容，进行了删改补充，编成《成方切用》一书，影响亦较广。

在清代众方书中独树一帜的还有赵学敏的《串雅》内外编。这是一部民间‘走方医’(铃医)的医术方药经验汇编。赵学敏是一位独具慧眼的科学家，将走方医的秘不传授的秘方整理保存下来。全书载方贯穿“贱、便、廉”的原则，高度评价走方医的截、顶、串三da法。记载了许多卓有疗效的经验，如吴茱萸末贴足心治咽喉肿痛、鸡血治娱蚣咬伤等等，至今仍在临床使用。

费伯雄著《医方论》4卷，根据《医方集解》方剂次序，逐方予以评述。王翊的《万全备急方》多取山野常见草药，适于僻壤穷苦之人。宋鸿雪的《方便方》，选古今名医经验单方汇集而成。陶承熹的《惠直堂经验方》取祖父、外祖父平生所集录的验方及他本人二十年间在各地所闻所得的各种成方。徐大椿把《伤寒论》中各方分成桂枝类、麻黄类、葛根类等十二类，以简驭繁，纲举目张，著成《伤寒类方》、许宏《金镜内台方议》也专为阐发张仲景方义而作。清代较有影响的方书还有王子接《绛雪园古方选注》、王孟英的《潜斋简效方》、年希尧《集验良方》、何梦瑶《医方全书》等等不可胜计。

以歌诀形式普及方剂内容的著作在清代也有很多，如汪昂的《汤头歌诀》选方290首，编成200余首七言歌诀，每首歇诀之下还有简要注释。该书亦流行甚广。陈修园编有《长沙方歌括》、《金匮方歌括》、《时方歌括》等。