清代儿科稳步发展，不论儿科理论水平和儿科病症的诊治，都有不少进步和提高，涌现出夏鼎、陈复正、沈金鳌等一批儿科学家，以及《幼科铁镜》6卷(1695)、《幼幼集成》6卷(1750)、《幼科释迷》6卷(1774)等重要儿科专著，此外，在《温病条辨》、《医宗金鉴》等医书中也有儿科专集专论。儿科理论日臻完善，小儿推拿术和外治法得到推广应用。

清代对小儿纯阳之体有两种不同的阐发。第一种学说以徐灵胎为代表，认为小儿体禀纯阳，所患热病最多，在治疗上不宜使用温阳药物，对后世的影响较大。第二种学说以吴鞠通为代表，认为小儿纯阳不是指盛阳而是钱乙提出的稚阳，治疗时应注意顾护。

小儿诊法方面，清代医家对小儿指纹法提出了不同的看法。针对后来医生进一步扩大其玄虚的不良现象，夏鼎否定小儿指纹诊法。陈复正则认为，不可否定其作用，指出小儿切脉比较困难，不若以指纹之可见者，与面色病候相印证，有诊断意义。

清代儿科治疗学以推拿术、外治法的应用较为突出。夏鼎编写了“推拿代药赋”，以用药作比拟，并绘有面、身、足、手掌等形体图，附以文字说明，方便学者掌握。熊应雄辑刊的《小儿推拿广意》3卷(1676)，为对前人有关推拿的论述和经验进行了一次比较全面的总结，介绍了各种推拿手法，以及16门小儿常见疾病的推拿疗法，还有药物与手法相结合的论述。附有图解，有较大的实用价值。

小儿外治法较有研究者当推陈复正，他遂收集和创用了不少适用于小儿的外治法，如掩脐、涂囟、搐鼻等。这些外治法被用来治疗各种小儿疾病，这是陈复正长期临床实践经验的结晶，同时也反映了清代小儿外治法发展水平。

这一时期，麻疹仍为当时经常流行，严重危害小儿健康的疾病。谢玉琼编撰成《麻科活人全书》4卷(1748)，详述麻疹的病因、证候、病理、病情、治法和用药，指出麻疹“多带时行”，强调它的传染性。其中所选用的宣毒发表汤、葛根解肌汤及其加减，均为麻疹初期散发透疹的效方，也是后世多数儿科医生所常用的基本方。

对疳证，吴鞠通认为疳证生于土虚，而土虚则生于饮食，所以治疗应以健脾和胃为早。具体提出了治疳九法，既考虑到机体本身的因素，又考虑到内外环境、心理社会对小儿健康的影响，给后人以启迪。

清代儿科学已发展到相当高的水平，为近现代中医儿科学的进一步发展奠定了良好的基础。