荷兰人于1624年侵入台湾，为了驯服当地土著居民，协助其开发、掠夺岛上资源，借传教从事其抚化政策，并以医疗作为传教的先导。荷兰人入台之后，修筑热兰遮城为己用，城内设有总督官邸、士兵营房、教堂、监狱、库房和医院。这个医院主要从事驻台荷兰人的保健医疗。翌年，荷兰人又在赤嵌(今台南市一带)建立市衔、名普罗民遮，将中国人迁往该地，建民居住，并建立仓库与医院。西班牙人窍据台湾仅16年(1626～1642)，在此期间，天主教神父在传教的同时，以医学作为接近原居民的工具，为当地人治疗疟疾与天花。这种以商业掠夺为根本目的的医疗事业，随着荷兰人及西班牙人撤出台湾而消失。