1976年10月，粉碎“四人帮”以后，为了促进医学教育研究工作的发展，上海医科大学、北京医科大学、同济医科大学、华西医科大学等校联合发起，于1980年4月和1981年5月分别在武汉和成都召开了医学教育学术讨论会，在这两次会议上，不仅就1976年以来医学教育研究，特别是中外医学教育发展趋势比较研究方面所取得的成果进行了学术交流，同时还就如何发展医学教育科学，建立医学教育研究学术团体进行了讨论。根据1981年成都会议期间20余所医学院校的联合创议，经过两年的准备，经中华医学会批准，于1983年10月在西安召开了第一次全国医学教育学术大会，并成立了中华医学会医学教育学会，选举我国著名医学教育家马旭教授任首届会长。尔后，各省、市、自治区也相继成立了隶属于医学会的地方性医学教育学会。

为适应医学教育科学发展的需要，在这一时期，经卫生部批准，先后在上海医科大学(1978)、中国医科大学(1980)、北京医科大学(1981)、北京中医学院(1984)和中山医科大学(1984)建立了医学教育研究所(室)。为适应医学教育研究学术交流的需要，自1980年开始，除经国家有关部门正式批准的《国外医学教育》、《医学教育》、《中医教育》、《中国高等医学教育》和《继续医学教育》等五种全国性医学教育学术刊物外，还在省市和医学院一级创办了89种医学教育刊物，从而为我国医学教育研究工作的发展打下了基础。

1985年5月，《中共中央关于教育体制改革的决定》颁布以后，在全国的126年医学院校中，已有77所医学院校成立了医学教育研究所(室)，形成了由214名专职研究人员和699名兼职研究人员所组成的研究队伍。1985年开始，根据世界银针卫生-1贷款项目官员的建议，在原上海医科大学、中山医科大学、中国医科大学和北京中医学院医学教育研究所(室)的基础上，组建了四个国家级医学教育研究中心。这些中心除利用世界银行贷款，引进电子计算机等先进设备外，还陆续向美国、日本、澳大利亚等国的医学教育研究机构派出近20名医学教育研修人员。

自1989年以后，除医学教育学会每年举行学术大会以外，各不同教育领域也召开了一系列专题讨论会。在各专业领域教育科学研究深入发展的基础上，经医学教育学会批准，先后成立了九个三级学会性质的专门学组，它们是：中等医学教育学组(1988)、成人医学教育学组(1988)、医学检验教育学组(1988)、医学研究生教育学组(1989)、医学法学教育学组(1989)、医学外语教育学组(1989)、专科医学教育学组(1990)、医学化学教育学组(1990)和继续医学教育学组(1990)。为加快高等医学教育领域教育科学研究的发展，经中国高等教育学会批准，1991年12月在广州成立了中国高等教育学会医学教育委员会，1992年12月，在武汉成立了中国高等教育学会医学教育委员会医学教育科学分会。

与此同时，随着医学教育科学的发展，医学教育领域内的国际交流也从单向派往国外考察或研修向双向学术交流或合作研究方面发展。