MHC分子可作为自身或同种反应的刺激分子从而诱导免疫应答或参与免疫调节。

1．参与免疫调节　非T细胞（Mφ、B细胞等）在体外能诱导自身T细胞发生增殖反应，此即自身混合淋巴细胞反应（autologous mixed Iymphocyte　reaction,AMLR）。在AMLR中非T细胞表面的刺激决定簇是HLA-DQ（小鼠H-2I-A）分子。自身反应性T细胞增殖后可表达HLA-DR（小鼠H-A I-E）抗原，后者又作为刺激分子激活某些T细胞，此T-T AMLR。AMLR代表体内免疫细胞间的一种调节机制，有助于维持免疫自稳，故MHC-Ⅱ类分子通过诱发AMLR而参与免疫调节。

2．诱导免疫反应 MHC分子是一种同种异型抗原，可诱导同种反应的发生，典型的例子是体外的同种异型混合淋巴细胞反应和体内同种移植排斥反应。在这两种情况下，反应性T细胞对非已MHC抗原的识别不受自身MHC限制。