T细胞通常不能识别天然蛋白抗原的决定簇。被APC摄入的天然抗原须在胞内通过代谢而修饰成能与MHC-Ⅱ类分子结合的、具有强免疫原性的肽段，此过程称为抗原的处理(antigen processing)。被巨噬细胞摄入的抗原在胞内形成吞噬小体（phagosome），然后与溶酶体融合，形成吞噬酶体（phagolysosome）。后者是一种酸性的囊泡，天然抗原在其内受多种酸性水解酶作用，90%以上的成分被完全裂解为氨基酸并失去免疫原性，10%左右降解为具有α-螺旋结构的免疫原性肽段。后者暴露出与MHC-Ⅱ类分子具有特异亲和力的疏水性残基，并以抗原识别位（agretope）通过非共价键与MHC-Ⅱ类分子肽结合区结合成稳定的螺旋结构。由细胞内粗面内质网合成的MHC-Ⅱ类分子通过与免疫原性多肽的结合，使后者得以避免被完全水解。所形成的多肽MHC-Ⅱ分子复合物可能在高尔基复合体参与下被转运到细胞膜表面TcR识别。