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一、核酸杂交技术

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检验方法建立的基本要素是特异性和灵敏度,在复杂的物体中,使无法感觉的特定物质进入人类的观察范围。核酸杂交检测技术就是利用核酸碱基严格配对的特异性,核酸标记物的灵敏度而建立的检测核酸结构与功能的方法。该法建立以来已有二十年,目前研究实验室用得多,临床实验室用得较少,除成本高外,关键是操作复杂,重复性差,仅能半定量。成本高可随经济发展而缓和,但其它缺点尚需努力克服。

杂交实验的探针应具有特异性,对应不同的杂交方法靶基因(被检基因)应有一定的纯度与丰度。杂交反应的开始是碰撞,探针浓度高则速率增加,一般32P标记探记探针5-100ng/ml,非放射性探针25-1000ng/ml,原位杂交无论放射还是非放射物标记,一般都需0.1-5.0μg/ml。当探针过量时,杂交速率取决于探针长度,如一个100ng/ml20个核苷酸的合成寡核苷酸探针与1-100pg 1kb长的靶基因杂交,10分钟能达到最大杂交率。而相同条件下2kb的克隆探针需160小时。主要原因是这里所指浓度是重量浓度而非摩尔浓度。长探针因标记量大,小的摩尔浓度已足以达到需要的检测灵敏度。为了促进长探针(>250个核苷酸)的杂交速率,加入杂交促进剂是非常必要的。最常用的是硫酸葡聚糖,使用浓度为5%-10%,浓度过高会增加杂交液粘度。聚乙二醇也作为促进剂,价廉且粘度低,但检测本底太高。另外杂交的温度、盐浓度、甲酰胺浓度可调节杂交分子形成的稳定性。理论选用DNA:DNA杂交温度T=Tm-25℃,此时杂交分子最易形成。但具体实验中影响Tm值的因素很多,一般杂交温度低,形成的杂交分子较稳定。RNA:DNA杂交分子的Tm大10-15℃,RNA:RNA杂交分子的Tm大20-25℃,使得杂交温度提高,此时需调节甲酰胺浓度来调节杂交温度。好的实验条件最终应在实践中摸索建立。

(一)斑点杂交

将少量核酸样品点样在硝酸纤维素滤膜上,80℃烘烤后可牢固地固定在膜上,再用探针进行杂交。尼龙膜,特别是聚偏氟乙烯膜(PVDF)与DNA结合力更高,坚韧、易操作。点样可手工,也可用真空点样品。检测可用放射性探针自显影或非放射性探针显色。可用于DNA或RNA分析。下面以非放射性探针分析DNA为例,结果是显色。

取硝酸纤维素膜和滤纸在2xSSC(NaCl 300mmol/L,柠檬酸钠30mmol/L),pH7.0浸15分钟,平铺滤纸在点样抽滤器上,再铺上硝酸纤维滤膜,真空抽气使点样器减压,膜显出凹面。点样50μl(5-10μgDNA,可直接点血清样品)于凹面,撤去真空,把膜晾干。取滤纸浸0.5mol/l NaOH,1.0mol/l NaCl,把膜平铺于滤纸上20分钟,变性。取滤纸二张分别浸在0.5mol/l Tris-Hcl pH7.5和1.0mol/l Tris-HCl,0.6mol/l NaCl pH7.5,分别依次把膜平铺于滤纸上,各中和15分钟,中和后膜的pH为7.2-7.5。于80℃,30-45分钟烘干。(RNA分析点样缓冲液系统不同,无需变性,中和,余大致相同)用塑料封口机把膜和2.5ml预杂交缓冲液封入塑料袋中,42℃,水浴30分钟。

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