免疫系统是一个复杂而高度发展的体系。它的任务是简单的：去搜索和杀死入侵者。如果一个人出生时带有严重的免疫缺陷系统，易发生病毒、细菌、霉箘、或寄生虫感染而死亡。在严重的复合免疫缺陷中，酶的缺少意味着毒素废物侵入免疫系统细胞内杀死免疫细胞，这样便摧毁免疫系统。免疫系统细胞的缺乏还是迪乔治综合症的基础，胸腺的不确当的发展，既起因于过量的免疫应答又起因于一种“自动免疫进攻”（autoimmuneattack）。哮喘、家属性地中海热、和局限性回肠（肠炎病）全部起因于免系统的过量反应，而自动免疫多腺综合症和一部分糖尿病是由於免疫系统进攻了“自身”细胞和分子。当不能区分敌我时，免疫系统的一个重要作用是区分入侵细胞还是自身细胞应引起自动免疫疾病疫。