程氏一生博览群书，谦虚好学，晚年学识与经验并臻上乘。治疗疑难、危重病人辨证精细、分析周密，立方遣药多甚精当。程氏强调于浩如烟海的古籍中力择其适用于我们所遇病例宝贵的理法。他曾不断赞叹：“中医一门，要学的东西太多了。脑子里放不下许多东西，我是过去主要搞临床治疗的，只要选择我所需要的东西好的，这是我当时的主导思想。”程氏常以《内经》的基本理论、指导其临床实践，每能出奇制胜。如曾治一妇女，素体丰满，去夏浴身时汗出淋漓，浴后骤受风袭，遂即汗出不止、恶风，兼有胃纳不香、胸闷，苔薄，脉濡。即予黄芪、桂枝、白芍、煅龙骨、煅牡蛎、炒白术、鹿衔草、泽泻、陈皮、春砂壳、淮小麦、糯稻根须。服药五剂，诸症大瘥，续于五剂，基本痊愈。此方用鹿衔草等药即取自《内经》方。他虽自称对“五运六气”的兴趣不大，但对《内经》中的七篇大论认为精彩的地方很多。如六元正纪大论说的“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之”等原则在临床治疗上起极大的指导意义。对其他各论，如痿论、痹论、热论等程氏认为都有很多好处，大多数是从实际经验中得出来的，值得我们注意学习研究。程氏对《难经》亦甚重视，认为《难经》可以补《内经》之不足。他曾说：“我有许多地方就是服从《难经》不问《内经》的。”他不同意“《难经》是伪书”的说法，指出“书都是前人的经验总结，只问好不好，不问真和伪。”。他认为十四难的“损其肺者益其气，损其心者调其营卫，损其脾者调其饮食、适其寒温，损其肝者缓其中，损其肾者益其精”在临床上有极大的指导意义。认为二十二难和三十二难基本上解决了是动所生和气血营卫问题，在指导治疗是有其积极意义的。程氏对后世各家学说均十分重视，并将它们与《内经》、《伤寒》、《金匮》联系研究。如曾说：“从后世各家学说中，逐步体会《内经》的好处。”程氏非常重视对历代医案的钻研，认为医案是反映临床经验的“教材”，如无各家医案作借鉴就会陷入见浅识寡、遇到困难束手无策的境地。他还指导说：“对自编的医案尽说好的，我相当怀疑；别人编的不经选择的比较可以看出问题。譬如王旭高医案很好，叶天士更好，但难学得很……柳选四家不坏，但难学与叶氏同。王孟英的比较灵活，吴鞠通的比较着实，徐洄溪的没有药看不出问题，《寓意草》广广思路是可以的但不要迷信。我看古人医案，对许多特殊的治法，最感兴趣。”