蔡氏女科主张“审证求因，贵乎精详；立法用方，须知权变。宗古而不囿古，当因时制宜，因地制宜，因人制宜”，故能宗世医之论，汇百家之长。补土取法李东垣，滋阴宗尚朱丹溪，理血首推薛立斋，调气尤崇汪石山。治病用药，权衡轻重而不偏，适度寒温而不指。急症须单刀直入，务期脱险奏功；久病则标本兼顾，不求速痊立效。蔡氏尝曰：“治病应立足于治本，以观后效，切莫贪近时之功，而贻后患。”经病当以调理气血为主，经闭不尚攻伐，崩漏不专止兴(氵啬) 。用药深谙药性，注重归经配伍，顺阴阳之序，适四气之和。制寒热水火之偏胜，配动静升降之合度。切忌损气耗血，峻厉之药；慎用碍脾妨胃、滞湿之品。因此若用附桂温补类，常佐龙牡芍药镇逆收敛，以防其真阳不守。处方亦常用白术、陈皮、茯苓健脾和胃，化湿助运，以资气血生化之源。蔡氏谓：“湿化则气血流畅，脾运恢复，疾疴自蠲。”诊察脉候，颇具匠心。蔡氏认为：“脉者，气血之先，阴阳之兆，妇人女子尺脉常盛，而右脉略大，皆其常也。凡瘦小之人，气居于表，六脉常带浮洪；肥盛之人，气敛于中，六脉常带沉数；北方之人每多强实，南方之人每见柔弱，少壮脉多大，老年脉多虚，寡居之人脉濡弱，孕胎尺脉滑数大。