中枢神经系统的发育主要在胚胎期和出生早期，因此，妊娠期母体受到各种有害因素的影响，则往往导致胎儿神经系统发育的障碍。脑细胞内有关遗传基因的重组、突变以及染色体变异都在不同程度上影响到脑的结构及其功能，而基因与智力的联系，是通过电控制蛋白质的合成而实现。基因的变异可引起蛋白质的合成异常，导致智力障碍。各种感染可直接影响胎儿及婴幼儿的大脑神经系统的发育，如果在大脑发育关键阶段。发生营养不良或营养缺乏，使细胞分裂减少。影响脑细胞体积增大和髓鞘形成，使信息传递减慢，导致智力障碍。某些神经系统疾病，先天畸形，脑外伤等均可影响脑结构及脑的功能，导致智力低下。儿童期精神分裂症由于其有认识障碍可影响智力，婴儿孤独症由于缺乏与他人及周围环境的联系，不与外界进行言语交流，导致智力发育障碍，癫痫患者由于癫痫发作造成脑细胞的损伤，有部分与遗传有关，导致智力低下。儿童早年文化教育机会被剥夺，母爱剥夺可引起智力低下。