病例对照研究的偏倚应在设计阶段、实施阶段和资料分析阶段加以控制。

设计阶段：应加强科学设计。在选择对象时，尽可能采用随机抽样原则，如果在医院选择病例，则应从多个医院选择研究对象，并尽可能采用新发病例。

实施阶段：调查或检查收集信息时，变量最好有客观指标，减少调查偏倚。如有无应答对象在设法被查，多做说服动员，重复多次调查，并在分析时无应答的影响作出特别分析。

资料整理分析阶段：应注意病例与对照两组的均衡性。并利用分层分析方法、多因素分析方法处理，以排除混杂因素的作用。