蛋白质的种类繁多，结构复杂，迄今为止没有一个理想的分类方法。着眼的测面不同，分类也就各异，例如从蛋白质形状上，可将它们分为球状蛋白质及纤维状蛋白质；从组成上可分为单纯蛋白质(分子中只含氨基酸残基)及结合蛋白质(分子中除氨基酸外还有非氨基酸物质，后者称辅基)；单纯蛋白质又可根据理化性质及来源分为清蛋白(又名白蛋白，albumin)、球蛋白(globulin)、谷蛋白(glutelin)、醇溶谷蛋白(prolamine)、精蛋白(protamine)、组蛋白(histone)、硬蛋白(scleroprotein)等(见表1?)。结合蛋白又可按其辅基的不同分为核蛋白(nucleoprotein)、磷蛋白(phosphoprotein)、金属蛋白(metalloprotein)、色蛋白(chromoprotein)等(见表1-5)。

此外，还可以按蛋白质的功能将其分为活性蛋白质(如酶、激素蛋白质、运输和贮存蛋白质、运动蛋白质、受体蛋白质、膜蛋白质等)和非活性蛋白质(如胶原、角蛋白等)两大类。

表1-4　蛋白质按溶解度分类

蛋白质分类 举　　例 溶　解　度 白蛋白 血清白蛋白 溶于水和中性盐溶液，不溶于饱和硫酸铵溶液 球蛋白 免疫球蛋白、纤维蛋白原 不溶于水，溶于稀中性盐溶液，不溶于半饱和和硫酸铵溶液 谷蛋白 麦谷蛋白 不溶于水、中性盐及乙醇；溶于稀酸、稀硷 醇溶谷蛋白 醇溶谷蛋白、醇溶玉米蛋白 不溶于水、中性盐溶液；溶于70-80%乙醇中 硬蛋白 角蛋白、胶原蛋白、弹性蛋白 不溶于水、稀中性盐、稀酸、稀硷和一般不机溶剂 组蛋白 胸腺组蛋白 溶于水、稀酸、稀硷、不溶于稀氨水 精蛋白 鱼精蛋白 溶于水，稀酸，稀硷、稀氨水

表1-5　蛋白质按化学成分分类

蛋白质类别 举　　例 非蛋白成分（辅基） 单纯蛋白质 血清蛋白，球蛋白 无 核蛋白 病毒核蛋白，染色体蛋白 核酸 糖蛋白 免疫球蛋白、粘蛋白，蛋白多糖 糖类 脂蛋白 乳糜微粒、低密度脂蛋白、极度密度脂蛋白、高密度脂蛋白 各种脂类 磷蛋白 酪蛋白、卵黄磷酸蛋白 磷酸 色蛋白 血红蛋白、黄素蛋白 色素 金属蛋白 铁蛋白、铜兰蛋白 金属离子