大部分限制性核酸内切酶识别DNA序列具有回文结构特征，切断的双链DNA都产生5’磷酸基和3’羟基末端。不同限制性核酸内切酶识别和切割的特异性不同，结果有三种不同的情况：

①产生3’突出粘性末端（cohesive end）:以Eoor 为例：

5’…G↓AATT C…3’→5’…Gp　OHTTAAC…3’

3’…C ATAA↑G…5’EooP Ⅰ 3'…　 CTTAAOH　 pG…5'

②产生5’突出的粘性末端：以PstⅠ为例：

5’…CTGCA↓G…3’→5’…CTGCAp　OHG…3’

3’…G↑ACGTC…5’PstⅠ 3’…GOH　pACGTC…5

③产生平末端（blunt end）:Nru Ⅰ为例：

5’…TCG↓CGA…3’→5’…TCGp OHCGA…3’

3’…AGC↑GCT…5’Nru Ⅰ3’…AGCOhpGCT…5’

不同有限制性核酸内切酶识别的DNA序列可以不相同。有的识别四核苷酸序列，有的识别六或八核苷酸序列。如果DNA中的核苷酸序列是随机排列的，则一个识别四核苷酸序列的内切酶平均每隔256bp出现一次该酶的识别切割位点，同样的对识别六或八核苷酸序列的内切酶则大致上分别是每隔4kb或65kb出现一次识别切割位点。按此可大致估计一个未知的DNA分子限制性内切酶可能具有切点频率，以便选用合适的内切酶。

限制性核酸内切酶的种类很多，至今已发现近800多种，可以根据它们对DNA有不同的识别序列和切割特征选用，从而为基因工程提供了有力的工具。表20-2列出了几种最常用的限制性核酸内切酶的识别序列和切割点。

表20－2　几种最常用的限制性核酸内切酶