克隆的基因不仅导入细菌和培养的细胞，而且能转入动植物体内、改变其遗传特性。转基因动物（transgenic animals）就是指在其基因组内稳定地整合有外源基因、并能遗传给后代的动物。1979年Mintz等将SV40病毒NDA导入小鼠早期胚胎的囊胚腔，第一次得到载有人工导入外源基因的嵌合体小鼠（chimeicmorse）。1982年Palmiter等将克隆的生长激素基因用显微注射（microinjection）的方法直接导入小鼠受精卵细胞核内，所得转基因的小鼠的肝、肌、心等组织都能产生生长激素，小鼠比原个体大几倍，称为“巨鼠”，使人们意识到转基因技术的巨大潜力及其在遗传育种方面的划时代意义，除受精卵外，从胚胎中分离的多潜能干细胞（ES细胞,embryonic stem cells）也能接受外源基因发育成个体，外源基因的导入还可以采取逆转录病毒载体感染等方法。目前已经得到的转基因动物除鼠外还有转基因兔、羊、猪等。

利用转基因动物可以建立人类疾病的动物模型，为对人类疾病病因研究，以及测试新治疗方法提供了有力手段。例如用导入各种癌基因、致瘤病毒基因或其调控序列等的转基因小鼠，可以观察肿瘤发生的历程和影响因素；导入相关突变基因的转基因动物可以造出糖尿病、镰刀形细胞贫血、白内障等疾病模型；用肝炎病毒基因的转基因动物可以研究肝炎病毒基因在肝炎病中的作用，利用导入各种细胞因子基因、免疫功能基因、以及特定核酸序列的转基因动物可以从整体研究细胞因子、免疫调控、基因表达调控等问题。

近年来转基因动物技术又有新的发展。ES细胞导入与目的基因同源的序列，则在体内可以经同源重组使用的基因发生突变，这样成长起来的动物有目的基因的缺陷，这种技术称为基因打靶（gene targetting）。用基因打靶可以在整体水平上研究基因的功能，并能制造出遗传缺陷的疾病模型。

用转基因动物还能获得治疗人类疾病的重要的蛋白质。例如导入了凝血因子Ⅸ基因的转基因绵羊分泌的乳汁中含有丰富的凝血因子Ⅸ，能在效地用于血友病的治疗。

转基因技术在遗传育种上闯出了新路。成功获得“巨鼠”，激起了人们的创造优良品持家畜的热情。我国水生生物研究所将生长激素基因转入鱼受精卵，得到的转基因鱼生长显著加快、个体增大；转基因猪也正在研制中。

转基因植物在育种上也获得成绩。1994年比普遍西红柿保鲜时间更长的转基因西红柿投放市场，1996年转基因玉米、转基因大豆相继投入商品生产。美国最早研制得抗虫棉花，我国科学家将自己发展的蛋白酶抑制剂基因转入棉花获得抗棉铃虫的棉桦株。到1996年全世界已有250万公顷土地种植转基因植物。与按传统孟德尔遗传规律育种比较，转基因技术显出其优越和更大的潜力，提高光合作用、扩大固氮能力、提高营养价值、抗虫、抗病、抗旱等转基因植物都在研究中。将人的基因转入植物还可能获得医学上的治疗用途的药物，例如将人抗体基因转入烟草，从烟叶中就能提取得人的抗体蛋白。