免疫系统对自身抗原产生免疫耐受的机制，与抗原决定簇结合的载体分子的特异性有密切关系。各种多糖、脂类、核酸、蛋白质等形成的自身抗原，以各自的抗原决定簇与不同的载体即自身各种组织成分结合后，以不同的方式达到了自身免疫耐受。一旦这种自身免疫耐受机制破坏，即可导致自身免疫反应，产生自身抗体。T细胞旁路学说认为，高浓度的自身抗体可使T4和B细胞免疫耐受，低浓度的自身抗原只使TH产生耐受。后者B细胞虽未致耐受，但因缺乏TH的辅助作用，也不能接受自身抗原的刺激而产生自身抗体。当自身抗原被修饰后而产生新的抗原决定簇，或与药物等半抗原结合获得新的抗原决定簇，或当病原体感染，外来抗原如同时载有外来的和自身的或模拟自身的抗原表位（epitopes）时，TH的耐受状态可以解除，恢复对B细胞的辅助作用，B细胞活化而产生自身抗体。