所谓免疫（Immune PCR）就是利用抗体与DNA特异结合来检测抗原，把抗原抗体反应与PCR联合应用而建立的一种抗原检测系统。

在免疫PCR中，一个中介分子同时具有与DNA、抗体分子特异结合的能力。其一端连接DNA（标记物），另一端连接抗原-抗体复合物，形成一个特殊的抗原-抗体-DNA连接物。作为标记物的DNA分子可用PCR的扩增，存在特异的PCR产物应证明作为标记物的DNA分子已特异地与抗原-抗体复合物结合，而且表明了抗原的存在。有人采用SAP（streptavidin – protein A）嵌合体作为中介物。它具有双特异性结合能力，一端为链霉亲和素，可结合生物素；另一端为可与IgG的Fc段结合的蛋白A。这样可特异地把生物素化的DNA分子和抗原-抗体复合物连接在一起。

选用BSA作抗原进行免疫PCR实验，结果表明，可检测出580个抗原分子（9.6×10-22mol/L），而且可以完全避免其它非特异信号的干扰。与采用碱性磷酸酶的ELISA相比，其灵敏度可提高105倍，较常规的放名分析灵敏度也高出几个数量级。

免疫PCR产物在普通的琼脂糖电泳上就可以检测出来，如用更好的方法来检测PCR产物，如放射性同位素，荧光物或酶等掺入到PCR产物中，可进一步提高其灵敏度和适用性。另外，如果采用不同大小标准的DNA进行标记，在电泳时，可同时检测出多种不同的抗原分子。

PCR产物的多少与抗原结合量有关，如果用标准反应作对照，则可以对抗原的量进行估算。因此，通过改变连接物的浓度就可以改变检测系统的灵敏性。其它因素，如抗体的浓度，PCR循环周期数，PCR产物的检测方法等也同样影响系统的灵敏性。