（一）中药房组织机构的隶属问题未能统一。形成了上级卫生行政部门是中医和药政对医院中药房“都管都不管”。在医院，中药房有隶属西药房的，也有隶属中医科的，还有自成一体搞承包的这样几种局面。从而导致了属中医科的，他们“重医轻药”；属西药房的又“重西轻中”，在某种角度上讲，中药房独自承包的扩大了中药自主权，但承包者又往往因单纯地追求经济效益而忽视了整个中药房的社会效益，也影响到整个中药房的质量管理。

（二）目前，医院中药房的设置仍以满足调剂配方为目的。在省、市级中医院中药人员普遍在超负荷地应付着处方工作。而对中药的临床科研、用药咨询、资料汇编、质量鉴定等有关药剂管理的其他方面却并未引起足够的重视。在医疗技术飞速发展的客观形势下，医院中药房完全处于一个被动应付的状态，致使中药技术人才缺乏，知识结构僵化。它的中药技术人员难以适应中药新科技发展的需要，而新的从学校毕业的人员对中药繁重原始的重复劳动，多数不能安心于中药房的工作，由此产生了恶性循环，导致了中药质量管理中人才与知识结构上的断层。

（三）院现有中药人员编制不足。特别在省、市级综合性医院由于编制没有明确规定，人员缺编现象尤为普遍。中药人员的缺编带来了质量管理上的混乱。

出现也非专业中药人员从事中药技术工作的情况；有些医院集采购、验收、加工炮制、仓库保管于一人，中药验收制度名存实亡，伪劣中药上柜配方时有性；有些医院仓库管理制度不全且制度执行不力，中药药品存放杂乱，标贴书写无章，中药虫蛀、长霉、走油、变质等现象仍很严重；有些医院，中药辨认配方部为了应付超负荷的处方量，只能“以手代称”、“天女散花”。加上校对不严，致使缺味漏配，称量不准，分包不匀，药味剂量差异超过规定标准情况严重存在；医院中药煎煮室条件简陋，且普遍使用临时工煎药。煎药人员缺乏起码的中药基础知识，并以完成工作量为主要目的，毫无质量观念，使许多本应“先煎后下”的特殊药物在煎煮时未能完全按规定执行。煎药时间概念模糊，严重影响了中药的治疗效果。

（四）医院中药房没有一个“质控标准”。特别在中药的加工炮制方面，由于近年业各地中药饮片发展较快，医院中药房对中药饮片厂产生了明显的依赖性。可是，许多中药饮片厂自身在质量管理上还存在不少弊端，而医院中药房对从各渠道购入的中药饮片往往又都是直接验收入库，上柜配方，从而造成了较普遍的“毛货上柜”配方现象。如连翘、夏枯草该挑选的不选；车前、葶苈该包煎的未包煎等等。另外，过份地依赖于中药饮片厂，削弱了医院中药加工炮制自我能力，无法满足和应付中医师复杂多变的特色用药，缩小了中药的使用范围。而中药炮制能力薄弱又导致了医院中药炮制质量的下降。如许多炒炭类饮片往往会出现“炒之不及”或“炭已灰化”等质量问题。从这些方面都可以看出中药房质量管理上现存的弱点。