在不当前和国由计划以济向市场经济逐步渡的条件下，科研经费的筹集、使用及转化亦应认识和遵循市场原则，要注意讲求实效，尽可能较小的投入获得较大的产出。就医院药学的科活动来说，应该注意掌握以下三原则，即：①社会效益原则；②经济效益原则；③学术价值原则。医院药学科研首先是为临床、为病人服务的，因此一定要注重社会效益；其次亦应考虑以济效益，并以此资助和支持科研活动；同时医院药学科研要追求创新性和先进性，科研成果要具有学术价值。三者并得不悖，相互关联，不可偏废。我们在选题、策划和实施整个科研活动中的过程中应普遍注意上述原则，只有这样，才能使科研工作流动发展，实现良性循环。医院药学科研虽然属于应用科研的范畴。但仍是探索性的工作，既有可能获得成功的一面，也有可能出现失败的一面。在科学研究中，失败也是一种收获，因此，部分经费投入而得不到一定的成果，决不是应完全排的事情。