肛管壁分为以下几层：

粘膜

肛管上部覆盖着柱状上皮。

肛管末段覆有肛膜，为一薄层无汗腺及毛囊的鳞状上皮。此上皮的边界称为肛皮线，或称齿状线。

数条纵行粘膜柱（肛窦或Morgagni柱）始于肛管近段，终止于齿状线，环绕具肛腺的肛隐窝。此处粘膜呈紫色，而肛管其余部分粘膜为粉红色，其原因是此处粘膜层覆于三簇血管丛上，易引起内痔。

外痔是位于肛管粘膜与皮肤交界处的静脉丛曲张所致。