章氏对于祖国医学基础理论的看法，是决定于他的治学方法的。他认为治学和治病一样，贵在一个“辨”字。经方家的所谓“辨”，医经家的所谓“揆度”（度病之浅深）都要有逻辑思维的头脑，要有客观的分析方法。祖国医学长于辨证论治，有很多朴素的基础理论，都是从长期的医疗实践中总结出来的，我们必须尊重这些朴素的理论，特别是从这些理论中引伸出来的许多治疗原则和由此而形成的治疗规律，由于它们都是符合实际，能正确地指导临床，所以都具有珍贵的科学价值。章氏对于五行问题是有他自己的看法的，他并不反对把“五行”作为古代的一种脏器相关的和治疗措施相关的理论来研究。例如《素问·六微旨大论》篇“亢则害，承乃制，制则生化”的理论，其总的涵义原是十分朴素而精辟的；王冰提出的“壮水之主，以制阳光；益火之源，以消阴翳”这一治疗方针，在临床实践中也发挥了重要的作用。其他如滋水涵木、培土生金、抑木扶土、泻火清金等等有关治疗措施的一些术语，都是从五行生g的理论中发展出来的，应探求其实际意义，说明其应用范围，只要结合临床具体情况加以运用，原属未可厚非。但他不赞成离开疾病的具体情况，离开人体脏器多种复杂的有机联系，把固定不变的公式视为金科玉律，用机械的推算方法生搬硬套，将前人总结出来的一些实践经验，反而推回到玄学的深渊里去。他认为最使祖国医学蒙受不洁的是玄学的外衣，必须清除这种玄学外衣的束缚，来发掘其合理的核心，否则祖国医学将坐是而不彰。因此，他曾提出五行可废的议论，显然是有感而发，其用心是良苦的。